瓶の中のゴミにつきましては、元から入っていた場合と外部から入った場合が考えられますが、元から入っていた場合は全く問題はありません。急激な温度変化などで内容物が析出してきたのです。
冬季などによく発生しますし、郵送中の温度変化などが原因です。航空便などでは零下まで下がることがあります。一度析出すると溶かすのは大変難しいですが、そのままの使用で全く効果、副作用ともに問題はありません。
ご質問からは外部からのゴミが入ったように受け取れますが、一番多いのは、治療中に皮膚くずなどが入った場合ですが、この場合、その屑の中の菌はすべて死んでいますので問題ないと思います。
その他の場合はゴミの化学的性質により異なることがあります。酸性物質等であれば効果の低下は認められます。効果を低下させるほどの強い酸性のものは食品などである場合が考えられます。その場合でも副作用は考えにくいです。一般的なほこりやごみの場合は見た目に不潔感がありますが、効果には問題はないと思います。
酸性の強いもの:レモンなどの果物その他が考えられます。